Az első lengyel felsőoktatású intézmény az 1364-ben alapított Studium Generale utódintézménye.
A XIV. század utolsó éveiben Magyarországról Krakkóba érkezett királynő Anjou Hedvig személyes javait az akadémiára hagyományozza.
A Collegium Maius gótikus épülete - a Krakkói Akadémia legrégibb épen maradt épülete, ma egyetemi múzeum. A Jagelló Egyetem Múzeumának gyűjteményében találhatóak Marcin Bylica(magyarosan Ilkus Márton)Hunyadi Mátyás király orvosa és udvari csillagásza tudományso könyvei és eszközei.
Az egyetemen 1989 óta Magyar Filológiai Tanszék működik.
